据传说，秦始皇曾下令三天内将商君书整理出来，没有完成者将会被处死。最终，李斯带领一批人在三天内将商君书整理完毕，避免了自己被处死的命运。
至于商君书的版本问题，由于商君书流传历史悠久，不同版本的商君书也存在一定的差异。其中，现存的商君书版本主要有两种：一种是从《史记》抄录而来的版本，另一种是从出土的战国竹简中整理出来的版本。
根据现有的研究成果，从出土的战国竹简中整理出来的商君书版本比较完整，包括现存最早的《商君书》竹简和出土于秦始皇陵中的《尚书商君书》。这些版本相对于从《史记》抄录而来的版本来说，内容更加丰富、完整。
需要指出的是，由于商君书的流传历史较长，其版本存在差异和变异，因此需要具备一定的历史学和文献学知识，才能够真正地理解商君书的思想内容。